Кстати, даже симулятор показыват разброс значений задержек сигналов на выходах разных разрядов одного и того же синхронного счетчика (до 2х раз). Поэтому проблему со сдвигом фаз клоков из-за задержек просто так не решить. Тут в каждом проекте нужен индивидуальный подход, вот потому и начиниается "черная магия".
Или можно не лезть в сотни мегагерц, тогда все прекрасно с первого раза работает, и голову ломать не надо.